Domanda:
Perché non prendiamo un campione casuale della popolazione per stimare la quantità di casi di COVID-19?
Nikhil Murali
2020-03-25 21:57:56 UTC
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Le statistiche attuali sul numero di casi saranno sempre indietro di qualche giorno rispetto alla realtà a causa del tempo che intercorre tra l'infezione e il momento del test, persone asintomatiche, ecc. Ma perché non prendere un campione casuale di poche migliaia di persone e testare tutti per vedere quanti di loro hanno il virus? Questo non ci darebbe un quadro della percentuale di persone che hanno il virus?

Gli ospedali nel mio stato hanno una scorta di kit di test per 3 giorni rimanenti e hanno appena ricevuto l'avviso che la prossima spedizione che si aspettavano sarà ritardata.
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Sei risposte:
#1
+7
Fizz
2020-03-25 22:19:09 UTC
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L'Italia ha 60 milioni di persone e circa 70mila casi (noti). È poco più di 1 su 1000 prevalenza. Per la maggior parte dei paesi è inferiore a questo. Quindi, avresti bisogno di un enorme campione per una buona stima. E quei test / risorse sono distribuiti meglio dove si trovano i casi sospetti, per il momento.

E ragionevole o no, l'ho sentito da un collega ed è confermato da la notizia che la capitale della Romania Bucarest prevede di testare casualmente un campione di 10.500 persone per determinare l'entità della diffusione del virus laggiù.

Direttore dell'Istituto per le malattie infettive "Matei Bals" Adrian Streinu-Cercel ha annunciato che a Bucarest partirà un progetto pilota per testare 10.500 persone per il nuovo coronavirus nell'ambito di uno studio scientifico per rilevare le persone infette dal virus SARS CoV-2, dal desiderio di prevenire così le forme gravi di malattia.

Streinu-Cercel ha detto che, per una popolazione di circa 2 milioni di abitanti, è necessario il test di 9.558 persone, con una correzione del 10% applicata a questo numero. Ha anche affermato che il campione può essere ridimensionato lungo il percorso. A questo proposito, Streinu-Cercel ha fatto riferimento alle raccomandazioni dell'Organizzazione Mondiale della Sanità, che ha chiesto che i test siano condotti per rilevare COVID 19. Il direttore dell'Istituto "Matei Bals" ha dimostrato che è necessario testare il personale medico ei pazienti, ma anche la popolazione, per sapere se “è sana, se è attualmente infetta o se è stata infettata” da questo virus, queste tre informazioni cambiano completamente il modo in cui questa pandemia viene affrontata nel prossimo futuro. [...]

Streinu-Cercel ha sottolineato che, in mancanza di screening, le forme lievi possono passare inosservate, generando successive forme di infezioni gravi. Ha anche detto che il ministro della Salute ha approvato questo progetto e ha sottolineato che si tratta di uno studio con "valore scientifico", non un semplice test. Allo stesso tempo, ha detto che a Bucarest ci sono 188 persone con diagnosi positiva.

Nota che ~ 200 casi in 2 milioni sono 1: 10.000.

Ah, ah , la parte più divertente è che questa si è rivelata essere "fake news!" Ma in realtà è informativo leggere la "ritrattazione / informazione" sul motivo per cui non stanno effettivamente facendo uno studio del genere [ovviamente: capacità di test insufficiente per il campione proposto.]

Dopo che il manager del L'Istituto "Matei Bals" per le malattie infettive, Adrian Streinu-Cercel e il sindaco di Bucarest Gabriela Firea hanno annunciato giovedì che 10.514 persone di 5 diverse fasce d'età a Bucarest saranno testate per il romanzo Coronavirus, il premier Ludovic Orban ha reagito e ha detto che questo non è possibile .

"Non possiamo stabilire le persone da sottoporre a test in modo casuale. Selezionare 10.000 sono solo storie, c'è un elenco di priorità per i test, dipende da come si stanno sviluppando la situazione e la capacità di test ", ha detto il PM in una conferenza presso la sede del Ministero della Salute.

Orban ha detto che il il personale medico e quelli destinatari delle indagini epidemiologiche si qualificano per i test per primi, aggiungendo che "la Romania non è stata pronta e la capacità di test è stata limitata".

Il premier ha affermato che "la capacità di test in Romania sarà aumenteranno fino a 2.000 la prossima settimana "e aumenteranno gradualmente, ma per selezionare 10.000 persone" sono solo storie ", più il bilancio delle vittime è stato basso in Romania.

In anziani notizie Vedo che l'India ha condotto un test casuale su 500 dei loro cittadini. Piuttosto prevedibilmente, sono risultate tutte negative.

E per altre obiezioni ufficiali dello stesso tipo DW segnalato il 7 aprile...

Il centro tedesco per il controllo delle malattie, il Robert Koch Institute, ha criticato i metodi di test della Germania, lamentandosi ad esempio del fatto che venivano testati troppi individui asintomatici. L'RKI ha chiesto la fine di questa pratica con la motivazione che la Germania potrebbe rischiare di rimanere senza test . Pertanto, le persone asintomatiche non sono attualmente consigliate per i test.

A proposito, se quello che vuoi scoprire è la proporzione di casi asintomatici, ci sono alcuni studi (anche se abbastanza contenuti popolazioni) che potrebbero avere una risposta, es uno sulla Diamond Princess (la nave da crociera messa in quarantena al largo del Giappone):

[Complessivo:] La nostra proporzione asintomatica stimata è al 17,9% (95% CrI: 15,5-20,2%) , che si sovrappone a una stima derivata di recente del 33,3% (intervallo di confidenza al 95%: 8,3-58,3%) dai dati dei cittadini giapponesi evacuati da Wuhan.

[Avvertenza:] Considerando che la maggior parte dei passeggeri erano 60 anni e più, la natura della distribuzione per età può portare a una sottostima se gli individui più anziani tendono a manifestare più sintomi.

Da un secondo studio sulla Diamond Princess, è informativo leggere la strategia / ordine del test:

Complessivamente sono stati eseguiti 3.063 test PCR tra [i 3.711] passeggeri e membri dell'equipaggio. I test sono iniziati tra i passeggeri anziani, in base all'età.

Un interessante contrappunto alla prospettiva degli operatori sanitari è che gli economisti sembrano fortemente d'accordo sulla necessità di test (o meglio detto, per alcuni commenti che hanno corretto la domanda, test rappresentativi della popolazione) al fine di calibrare la durata del lockdown dalla loro prospettiva, di limitare i "danni economici" causati dai lockdown stessi.

Ho sentito un'ammissione da una dottoressa italiana nella regione più colpita che si fidavano troppo del contatto con i colleghi senza scudi e maschere, quindi erano responsabili dell'infezione di tutti i pazienti che a loro volta infettavano i visitatori. È stato dimostrato che era aerotrasportato in 1 su 3 test di utilizzo di servizi igienici con campioni virali rilevati sulle pale del ventilatore da soffitto.
Downvoted per il ragionamento circolare.
@Fizz "L'Italia ha 60 milioni di persone e circa 70mila casi (noti). È poco più di 1 su 1000 di prevalenza. Per la maggior parte dei paesi è inferiore a questo. Quindi, avresti bisogno di un campione enorme per una buona stima." Ciò presuppone il risultato del test casuale, quindi è un ragionamento circolare. Logica di base.
@DrMcCleod: La tua ipotesi di "logica di base" che un test riveli la vera probabilità a priori è purtroppo un errore statistico comune. Vedi http://journal.sjdm.org/12/12714/jdm12714.html e leggi la risposta di cbeleites anche qui.
@Fizz Non faccio tale affermazione. Sto sottolineando che non puoi discutere a favore o contro i test basati sulla prevalenza poiché è quello per cui viene testato. L'unica affermazione che puoi fare è che * se * la prevalenza è x, la specificità del tuo test deve essere almeno y.
@DrMcCleod: l'unico modo per ottenere il tipo di test che desideri è testare il 100% della popolazione! Qualunque cosa in meno è un campione, e l'elaborazione del campione appropriato richiede ipotesi sulla (distribuzione della) malattia / infezione che si desidera effettivamente rilevare! Lo chiami "ragionamento circolare", ma tutti gli altri lo chiamano progettazione dello studio.
@Fizz Deduci il valore di confidenza del tuo test conoscendo la dimensione della popolazione che stai testando, l'accuratezza del tuo test e il numero di campioni che prendi. È tutto ciò di cui hai bisogno.
@DrMcCleod È inoltre necessario conoscere la prevalenza per eseguire un'analisi di potenza per un risultato binario. Questo ti direbbe che il numero di persone che devi campionare per ottenere una stima ragionevole aumenta quando la prevalenza è bassa. Lo fai prima di fare uno studio per scoprire se è fattibile anche solo farlo. Questo è esattamente l'argomento che Fizz sta facendo.
@BryanKrause: davvero. Cosa dovremmo concludere dallo studio sottodimensionato dell'India su 500 persone [casuali], nessuna delle quali è risultata positiva? Che nessuno sia infetto, quindi non sono necessari blocchi ?! Esercizio per DrMcCleod: calcola il valore p per lo studio indiano.
@Fizz no, ti dice un probabile limite superiore per la proporzione totale di persone infette.
#2
+3
cbeleites unhappy with SX
2020-03-26 06:13:27 UTC
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Questo non ci darebbe un quadro della percentuale di persone che hanno il virus?

Sì, ma: al momento, probabilmente non vale la pena nella maggior parte paesi.

  • Come ha spiegato Fizz, i test sono scarsi, quindi dobbiamo usarli dove il risultato del test fa la differenza nel trattamento e / o per contenere la malattia / rallentarne la diffusione.
  • In questo momento, lo sviluppo dei numeri di caso Covid-19 è piuttosto dinamico in molti paesi. La percentuale che troviamo testando oggi sarà superata se non domani entro la fine della settimana.
  • Per ottenere buone stime di una prevalenza bassa , abbiamo bisogno di testare un gran numero di persone e abbiamo bisogno di test che abbiano sia alta sensibilità che specificità. Al momento, i test utilizzati non sono stati sottoposti a una procedura di convalida completa (in modo da averli disponibili al più presto).

    Una conseguenza di ciò è che, sebbene possiamo sapere che funzionano abbastanza bene da essere utili per testare pazienti ad alto rischio, ad es. per alcuni test possiamo sapere che la sensibilità è migliore del 94% e la specificità è migliore del 97%. Se testiamo una popolazione generale con una prevalenza di 1 su 1000 utilizzando un test con specificità del 97%, otterremo circa 30 falsi positivi e 1 vero positivo (con sensibilità del 94%). In altre parole, invece di misurare la prevalenza delle infezioni da SARS-CoV-2 nella popolazione generale, abbiamo misurato 1 - specificità del test. Sfortunatamente, non lo sapremmo.

Come regola generale, possiamo misurare prevalenze che sono >> 1 - specificità del test. Quindi, se ci aspettiamo una prevalenza di 1: 1000, chiediamo un test che abbia una specificità almeno del 99,95% (con questo, osserveremmo 1,5 positivi su 1000). Per sapere che un test ha una specificità> 99,95%, avremmo bisogno di convalidarlo con almeno 10000 pazienti veramente negativi che dovrebbero essere tutti riconosciuti correttamente. In questo momento, il test potrebbe essere stato convalidato con 100 campioni negativi. Se vuoi leggere ulteriori informazioni su questo argomento, ho risposte lunghe a Quanto sono accurati i test del coronavirus? e Perché alle persone con sintomi COVID-19 vengono negati i test negli Stati Uniti?


Sentinel Samples

Sebbene al momento non disponiamo di uno schema di campionamento così casuale dalla popolazione, abbiamo qualcosa che va in questo direzione qui in Germania: campioni delle cosiddette pratiche sentinella. Le pratiche Sentinel sono pratiche mediche in tutto il paese che inviano campioni di pazienti a un laboratorio centrale dove vengono analizzati per una serie di virus come parte della sorveglianza dell'influenza. I virus testati ora includono anche SARS-CoV-2.

Questi campioni non sono un campione casuale della popolazione richiesta:

  • sono prelevati da pazienti che si presentano dal medico con malattie respiratorie acute,
  • e in questo momento con l'ulteriore restrizione sistematica che si tratta di pazienti che non si pensava fossero particolarmente a rischio di contrarre il Covid-19 (quelli vengono inviati al test SARS-CoV-2).

Nella settimana 12 (16-22 marzo), 3 dei 193 campioni sentinella testati per SARS-CoV-2 sono risultati positivi. Si tratta di una prevalenza dell'1,6%, con un intervallo di confidenza del 95% pari a circa 0,4 - 4% (in altre parole, abbiamo un ordine di grandezza).

Non ho informazioni sulla specificità del test SARS-CoV-2 utilizzato per i campioni sentinella, ma i dati pubblicati riportano due settimane con 0 positivi tra 191 + 229 = 420 campioni, e se li prendiamo come veri negativi, la specificità sarebbe migliore del 99%.


Mi aspetto che gli studi saranno condotti una volta che la prima ondata di Covid-19 sarà terminata e una volta che saranno disponibili test anticorpali adeguatamente convalidati. In contrasto con i test RNA attuali (che testano un'infezione attiva), i test anticorpali possono dire se qualcuno ha avuto un'infezione del genere di recente (possibilmente recente come adesso) o tempo fa.

I requisiti di specificità sono gli stessi indipendentemente dal fatto che vengano testati RNA o anticorpi.

#3
+2
Franck Dernoncourt
2020-03-26 20:02:47 UTC
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perché non prendere un campione casuale di poche migliaia di persone e testarle tutte per vedere quante di loro hanno il virus?

L'Islanda l'ha fatto, vedi https://english.alarabiya.net/en/features/2020/03/25/Coronavirus-Iceland-s-mass-testing-finds-half-of-carriers-show-no-symptoms :

A partire da domenica sera, le autorità sanitarie del paese e l'azienda di biotecnologia deCode Genetics hanno testato più di 10.300 persone. Potrebbe non sembrare un numero elevato, rispetto ai circa 350.000 americani che sono stati testati per il coronavirus secondo il COVID Tracking Project, ma è una percentuale molto più alta di test pro capite - un rapporto che le autorità islandesi hanno affermato sia il più alto in il mondo.

Ma non è solo il numero di persone sottoposte a test che è insolito nell'approccio dell'Islanda.

A differenza di altri paesi, dove le persone vengono testate solo se mostrano sintomi di coronavirus o sono entrati in contatto con agenti di diffusione noti, il paese sta testando migliaia di persone della popolazione generale che non presentano alcun sintomo del virus, aiutando a rivelare informazioni sulla natura del patogeno e dei suoi sintomi.

Ciò è stato fatto anche in una città in Italia:

In COVID-19, l'Università di Padova, Regione Veneto e Croce Rossa hanno testato la popolazione di Vò, Italia, 3300 persone, per stabilire la storia naturale del virus, il transmis dinamiche e categorie di rischio. "hanno trovato asintomatico >50 di coloro che sono risultati positivi" secondo il professor Sergio Romagnani.

La stessa domanda è stata posta sulla politica.SE: È stata condotta un'indagine casuale su una popolazione per COVID-19?


Riferimenti:

Ho votato contro la tua risposta, anche se tecnicamente non risponde alla domanda * perché * altri paesi non lo stanno facendo e / o quali sono gli argomenti [teorici] * contro * i test casuali per Covid-19, che era la vera domanda.
#4
+1
JonathanReez
2020-04-06 10:37:19 UTC
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La Danimarca lo ha fatto di recente e ha scoperto che 2,7% dei danesi che vivono nella regione della capitale ha già anticorpi per la malattia. Questo non è randomizzato di per sé poiché questi campioni provengono da persone che donano sangue, ma finora è il massimo.

Si dovrebbe forse aggiungere che ad oggi la Danimarca ha ufficialmente 802 casi confermati per 1 milione di persone; significa 0,08%, il che è davvero intrigante. Ma l'articolo afferma anche che * Nella regione della Danimarca centrale, il sangue di 244 donatori è stato testato tra il 2 e il 3 aprile e non sono stati trovati test positivi. * Che di per sé è incompatibile con la presenza di anticorpi del 2,7%, a meno che - e penso questa è la causa: la diffusione è disomogenea e dovremmo ricalcolare questi numeri nella regione della capitale.
ok - Wikipedia tedesca fornisce la divisione per il 5 aprile; https://de.wikipedia.org/wiki/COVID-19-Pandemie_in_D%C3%A4nemark; l'incidenza dei casi confermati nella regione della Capitale è di 124 su 100000, quindi 0,124%; ancora circa 20 volte inferiore all'incidenza di (donatori di sangue) con anticorpi.
i donatori di sangue sono una popolazione sana e auto-selezionati.
#5
+1
curiousdannii
2020-08-07 09:50:15 UTC
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Una tecnica che è in fase di sperimentazione è anche testare acque reflue / fognature per rilevare l'RNA del virus SARS-CoV2. Questo non ti aiuterà a identificare chi ha il virus, ma potrebbe informare una città che aveva precedentemente eliminato il virus che qualcuno ha riportato il virus di nuovo.

#6
  0
Vladimir F
2020-04-15 19:17:52 UTC
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È stato fatto. La Repubblica Ceca sta attualmente preparando uno studio del genere} che inizierà il 20 aprile) per scoprire il numero di pazienti asintomatici per prevedere meglio l'evoluzione futura del numero di persone infette. Fonte un po 'più vecchia in inglese https://news.expats.cz/coronavirus-in-the-czech-republic/czech-covid-19-central-control-team-plans-blanket-testing-in-sample -of-prague-Population / Sono disponibili informazioni molto più aggiornate in ceco https://www.seznamzpravy.cz/clanek/prazdniny-podle-prymuly-v-ceskem-hotelu-s-vylety-po -hradech-a-bez-festivalu-99893

"Testování vzorku 17 tisíc lidí v České republice na protilátky proti koronaviru začne v pondělí 20. dubna, do dalšího pondělí budeme znát výsledky." "Lunedì 20 aprile inizieranno i test sul campione di 17mila persone nella Repubblica Ceca per la ricerca di antigeni contro il coronavirus. Entro il prossimo lunedì conosceremo i risultati".



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 4.0 con cui è distribuito.
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